Die Inbetriebnahme eines Amalgamabscheiders bedarf einer wasserrechtlichen Genehmigung gemäß § 58 des Wasserhaushaltsgesetzes. In Anhang 50 der Abwasserverordnung  sind die besonderen Anforderungen für die Reinigung und Einleitung von amalgamhaltigem Abwasser formuliert.

Die Genehmigung zur Einleitung amalgamhaltigen Abwassers wird immer für den jeweiligen Standort der Praxis erteilt. Bei Wechsel des Praxis-Inhabers genügt daher eine kurze Mitteilung an das Umweltamt, genauso beim Austausch eines Amalgamabscheiders.

Bei Einrichtung einer neuen Praxis an einem Standort, an dem bislang noch keine Zahnarzt-Praxis gemeldet war, ist ein Antrag auf Genehmigung der Einleitung amalgamhaltigen Abwassers in die öffentliche Kanalisation zu stellen.