Unmittelbar nach Erreichen des Stadtgebietes erfolgt die erste Teilung am Spaltwerk Höherhof, in die Nördliche und in die Südliche Düssel.
Die Nördliche Düssel wird am Spaltwerk Heinrichstraße weiter aufgeteilt in die Innere Nördliche Düssel und den Kittelbach, welche dann weitere Zuflüsse aus dem Pillebach und dem Schwarzbachgraben erhalten. Der Kittelbach unterquert in seinem weiteren Verlauf den Düsseldorfer Flughafen, bevor er südlich von Kaiserswerth in den Rhein mündet. Die Innere Nördliche Düssel durchfließt überwiegend verrohrt die Düsseldorfer Innenstadt.
In die Südliche Düssel mündet oberhalb der A46 der Eselsbach mit dem Nebengewässer Hoxbach. Am Spaltwerk Wersten wird die Südliche Düssel in die Innere Südliche Düssel und den Brückerbach geteilt. Der Brückerbach mündet bei Wersten in den Rhein, während die Innere Südliche Düssel die Düsseldorfer Innenstadt, teils unterirdisch, durchzieht.
Innere südliche Düssel,naturnaher Abschnitt im Volksgarten-GeländeIn der Innenstadt wird stellenweise durch Schilder auf die unterirdischen Gewässer aufmerksam gemacht und schließlich treten sie auch in verschiedenen Teichen, wie Landskrone, Schwanenspiegel und Kaiserteich wieder zu Tage, bevor sie unterirdisch in den Rhein münden.
